Испания, 1944 год. В лесах северной Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему отчиму — капитану Видалю. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любыми средствами.
Однажды Офелия находит рядом с домом древний заброшенный лабиринт. Ведомая феей, она проникает в его сердце, где встречает Фавна, владыку подземного мира. Существо открывает ей тайну: Офелия — пропавшая принцесса волшебного королевства, и её отец ждёт её возвращения уже много веков. Чтобы обрести своё настоящее место, она должна выполнить три испытания до полнолуния, храня эту миссию в строжайшей тайне.